（1）奈瑟菌性結膜炎，應全身及時使用足量的抗生素，肌注或靜脈給藥。淋球菌性結膜炎角膜未波及者，
①成人：大劑量肌注青霉素或頭孢曲松鈉（菌必治）1g/d即可，如果角膜也被感染，加大劑量為1－2g/d，連續5d。青霉素過敏者可用壯觀霉素（淋必治），2g/d，肌注意此外，還可聯合口服1g阿奇霉素，或100mg強力霉素，每日2次，持續7d；或喹諾酮類藥物（環丙沙星0.5g或氧氟沙星0.4g，每日2次，連續5d）。
②新生兒：用青霉素G10000萬U（kg/d），靜脈滴注，或分4次肌注，共7d。或用頭孢曲松鈉（0.125g，肌注）、頭孢肟塞鈉（25mg/kg，靜注或肌注），每8h或12h一次，連續7d。對腦膜炎球菌性結膜炎，可靜脈注射或肌注青霉素。青霉素過敏者可用氯霉素代替。
（2）流感嗜血桿菌感染而致的急性結膜炎、或伴有咽炎或急性化膿性中耳炎的患者，局部用藥的同時，應口服頭孢類抗生素或利福平。
（3）對慢性結膜炎的難治性病例，或伴有酒糟鼻患者，需口服強力霉素100mg，1－2次/d，持續數月。