其目的在于：
(1)預防肺動脈血栓的周圍出現血栓延伸。
(2)抑制由血栓所致的神經、體液因素的分泌。
(3)阻止靜脈血栓的進展。
抗凝治療的初期使用肝素，以后用華法令(Warhdn)維持。肝素的作用迅速，具有上述的三點作用，而華法令的起效時間相對長，缺少對神經體液因素分泌的抑制作用。肝素在肺栓塞的治療中有重要作用，肝素組的生存率為92%，而非肝素組的生存率為42%，兩組對比差異顯著，肺動脈再栓塞率也由是否使用肝素而異，肝素組為16%，而非肝素組為55%。結果表明了肝素的應用價值，但肝素使用在一些疾病時受到了限制。
絕對禁忌證：腦出血、消化系統出血的急性期、惡性腫瘤、動靜脈畸形。
相對禁忌證：既往有出血性疾患，未治療的重癥高血壓，產后，2周以內的大手術、活組織檢查。肝素在肝臟代謝、尿中排泄，合并重癥肝腎疾病時應減少用量。
可疑急性肺栓塞階段，首先靜脈注射肝素5000單位，診斷確定后，每小時肝素持續靜點500～1000單位，將APTT比對照值延長1.5～2.0倍。為預防新的血栓形成和血栓延伸，肝素使用時間為7～10天。肝素的最大副作用是出血，間歇靜脈注射出血發生率達10%～12%，持續靜脈滴注出血發生率為1%～5%，出血出現的幾率與長期飲酒、女性及與抗血小板藥物合用使血小板減少等有關，累積效果常在用藥后第3天出現。
低分子量肝素與普通肝素比較，半衰期長，出血傾向低，在臨床被廣泛應用。低分子量肝素的副作用除血小板減少比普通肝素少以外，其它與普通肝素基本相同，用藥劑量一般在4000～8000單位/12h皮下注射。
肝素治療后加用華法令的目的在于預防復發肺栓塞，預防靜脈血栓的延伸。華法令組靜脈血栓的再發率為2%，非使用組再發率達17%；1年后，華法令組再發率為4%，而非華法令組為32%，呈明顯差異。華法令的起效時間為2～3天，因此肝素停藥前的3～4天開始給藥，華法令的使用劑量使PT值比對照值延長1.5～2.5倍，國際標準化比率至2.0～2.5之間。華法令的副作用也是出血，出血率可達2.4%～10%，出血危險性增加的因素有：60歲以上、舒張期高血壓、消化道潰瘍、肝腎疾病、影響華法令代謝和增加療效的藥物合用等。華法令通過胎盤影響妊娠初期胎兒的發育，因此妊娠期間最好使用肝素代替華法令。