腎活檢本病典型病例的病理改變主要是皮質乳頭瘢痕形成腎盞擴張、扭轉病變以腎下極和上極最顯著，病變可為單側或雙側，腎臟直徑有不同程度的縮小，也可到極度萎縮。如大量反流繼續存在可見輸尿管擴張、彎曲。
兒童時期因VUR而發生的腎臟萎縮類似于梗阻性病變腎縮小兩個標準差的患兒82%有中度(Ⅳ級)至重度(Ⅴ級)反流瘢痕形成見于88%的患兒。由于腎極部位的乳頭主要為復合易反流類型，故瘢痕易見但瘢痕也可在其他葉見到。
慢性反流性腎病腎組織學損害實際上與慢性腎盂腎炎無明顯區別可見淋巴細胞浸潤間質纖維化、小管退行性改變萎縮，小管內常有膠質管型部分呈小管囊性擴張，小球玻璃樣變或消失小動脈和葉間動脈由于收縮和內膜增厚而阻塞部分病例在外髓帶和皮質可見含Tamm-Horsfall蛋白的淡染物質。這種病灶常被聚積的淋巴細胞和漿細胞包圍在有尿路感染的病例皮質萎縮常伴嚴重的呈放射狀分布的炎癥反應并可從受損的髓質延伸到整個小葉，此時常見患腎縮小腎盂腎盞擴張，皮質變薄腎表面有局灶性瘢痕。
有嚴重蛋白尿的成人病例常見局灶-節段性腎小球硬化伴IgM和C3沉積文獻報道50%的患者輸尿管黏膜下和鄰近肌層可見炎性細胞浸潤主要為淋巴細胞和漿細胞。
光鏡檢查可見腎小管萎縮腎間質纖維化有淋巴細胞浸潤，在皮質及外髓可見內含THP圓形的染色物晚期病變可見腎小球局灶性硬化熒光鏡可見部分腎小球內有IgMIgG和C3沉積。電鏡檢查可見內皮下電子致密沉積物。
