1.纖維結腸鏡檢
診斷上主要依靠結腸鏡檢，因為90%～95%患者直腸和乙狀結腸受累。鏡檢中早期病變可見腸黏膜有多發性糜爛或淺表性潰瘍，可看到充血、水腫的黏膜，脆而易出血。在進展性病例中可看到潰瘍，周圍有隆起的肉芽組織和水腫的黏膜，貌似息肉樣，或可稱為假息肉形成。在慢性進展性病例中直腸和乙狀結腸腔可明顯縮小，為明確病變范圍，常用結腸鏡作全結腸檢查，同時作多處活組織檢查以便與克羅恩病性結腸炎鑒別，組織活檢病理診斷是慢性結腸炎的“金標準”。
2.氣鋇灌腸雙重對比造影
在鋇灌造影中可見到結腸袋消失，腸壁不規則，假息肉形成以及腸腔變細、僵直。有腹部征象的病例忌作鋇劑灌腸檢查，而應作腹部X線平片檢查，觀察有無中毒性巨結腸、結腸擴張以及膈下游離氣體征象。
3.糞便檢查
大便常規見紅、白細胞及少量膿細胞，檢測糞毒素，并進行需氧菌和厭氧菌的培養，便培養無痢疾桿菌及阿米巴原蟲，若能找到致病菌，是慢性結腸炎診斷的重要依據之一。
4.血液生化檢查
可見電解質紊亂，常有低鉀、低鈉及低蛋白血癥，血清蛋白可低于30g/L，白細胞計數可高達2萬以上，且以中性細胞為主。