慢性結腸炎的病因復雜，最常見的病因是非特異性結腸炎，如腸易激綜合征、炎癥性腸病、腸菌群失調、小腸吸收不良等。一般認為和感染、免疫遺傳、環境、食物過敏、防御功能障礙及精神因素有關。
1、過敏因素：
過敏性病變，受個體差異影響。主要是腸道性過敏，偶爾也累及皮膚。有些人對魚類、蝦、蟹、牛乳等高蛋白食物產生過敏，這些異體蛋白進入人體產生大量的組胺物質，引發過敏性反應。過敏性反應，是受致敏物質刺激，自身免疫引起的反應，激發大量免疫細胞凝聚、均集結在消化道黏膜表面，從而引起黏膜表面水腫、充血及滲液等炎癥發生。
2、感染因素
一般認為都與感染有關，每當發病時，使用抗生素都能有不同程度控制病情和治療的效果，說明該病有致病菌的作用。
3、濫用抗生素
濫用抗生素，導致腸道菌群失調，或出現耐抗生素菌株而引起的腸炎。
