慢性腎小球腎炎需要和下列疾病進行鑒別：
1.繼發性腎小球腎炎
如狼瘡腎炎、過敏性紫癜腎炎等,依據相應的系統表現及特異性實驗室檢查,可以鑒別。
2.遺傳性腎炎（Alport綜合征）
常起病于青少年,患者有眼（球形晶狀體）、耳（神經性耳聾）、腎異常,并有陽性家族史（多為性連鎖顯性遺傳）。
3.其他原發性腎小球病
（1）隱匿型腎小球腎炎
主要表現為無癥狀性血尿和（或）蛋白尿,無水腫、高血壓和腎功能減退。
（2）感染后急性腎炎
有前驅感染并以急性發作起病,慢性腎炎需與此病相鑒別。二者的潛伏期不同,血清C3的動態變化有助鑒別；疾病的轉歸不同,慢性腎炎無自愈傾向,呈慢性進展。
4.原發性高血壓腎損害
先有較長期高血壓,其后再出現腎損害,臨床上遠端腎小管功能損傷較腎小球功能損傷早,尿改變輕微,僅少量蛋白,常有高血壓的其他靶器官并發癥。