盡管慢載體的研究有了很大進展，但距離臨床應用還有很長的路要走。首先，重組病毒的滴度還不夠高，除Naldini等報道的結果外，其余均在101TU/ml～103TU/ml之間，難以達到體內應用的需要；其次，由于HIV復雜的生物學性質，要像常用的小鼠逆轉錄病毒載體那樣建立穩定的HIV載體包裝細胞十分困 難，已建立的包裝細胞均不理想。據報道，Vpr是一種使細胞進入靜止期的強誘導劑，也是建立包裝細胞的主要障礙之一。如果確如前文所述，包裝質粒中的vpr基因并非必需、去除后不影響載體的轉導能力，則建立穩定的包裝細胞是大有希望的。
在保證HIV-1載體的安全性上，迄今已做了種種努力，要產生有復制力的HIV，必須在不同的質粒上發生多次非同源重組事件。即使如此，一旦用于人體試驗，仍然不能打消人們對感染有復制力的HIV-1的顧慮。更為謹慎的做法是，以非人類的慢病毒為基礎構建載體，如猴免疫缺損病毒(SIV)、貓和牛免疫缺損病毒(FIV和BIV)、馬傳染性貧血病病毒等，而這些工作尚屬空白。
