1.診斷
PAPS的診斷主要依靠臨床表現和實驗室檢查，還必須排除其他自身免疫病和感染、腫瘤等疾病引起的血栓。目前最常用的PAPS分類標準是1998年10月第8屆APL國際研討會上日本Sapporo提出的APS初步分類標準
一般認為抗β2GP1抗體比抗心磷脂抗體特異性高，故有中、高滴度抗β2GP1抗體陽性的患者應高度警惕PAPS。單從臨床表現或實驗室檢查很難確診PAPS。一個有中高滴度ACA或LAC陽性的患者，并有以下情況應考慮PAPS可能；①無法解釋的動脈或靜脈血栓；②發生在不常見部位的血栓(如腎或腎上腺)；③年輕人發生的血栓；④反復發生的血栓；
⑤反復發作的血小板減少；⑤發生在妊娠中晚期的流產。
2．鑒別診斷
靜脈血栓需與蛋白C、蛋白S和抗凝血酶Ⅲ缺陷癥、血栓性血小板減少性紫癜、纖溶異常、腎病綜合征、陣發性夜間血紅蛋白尿、白塞病及與口服避孕藥相關的血栓等疾病相鑒別。動脈血栓需與高脂血癥、糖尿病血管病變、血栓閉塞性脈管炎、血管炎、高血壓等疾病相鑒別。
需要注意的是APL抗體的出現并不一定是APS。約12％的正常老年人中可以出現IgC或IgM類ACA陽性。梅毒、艾滋病、Lyme病、傳染性單核細胞增多癥、結核等疾病分別有93％、93％、39％、20％、20％的抗磷脂抗體陽性率。一些藥物如酚噻嗪、普魯卡因酰胺、氯丙嗪、肼苯達嗪、苯妥英鈉、奎寧、普耐洛爾和口服避孕藥也可以誘導出APL抗體。另外，有一些惡性腫瘤如黑色素瘤、腎母細胞癌、肺癌、淋巴瘤和白血病等亦可出現ACA或抗β2GP1抗體陽性。
檢驗診斷
抗磷脂綜合征(APS)不是一個特定的疾病，只是一個臨床的綜合表現。目前還無一個臨床表現的明確范圍，所涉及的病種也有擴大趨勢，特別是實驗方法、條件和確定正常值標準的差異，使得目前尚無一個非常嚴密的診斷標準。目前．對APS的診斷主要依賴于臨床表現和實驗室檢查，尤其對抗磷脂抗體(抗心磷脂抗體、狼瘡抗凝物質、β2糖蛋白1抗體等)的檢出和梅毒血清學假陽性試驗等對疾病的診斷、分型、治療和預后判斷都有重要的作用。