整合膜蛋白（integral memberane protein）：又稱膜內在蛋白，占膜蛋白總量的70%~80%，主要特征為水不溶性，其氨基酸組成疏水性強，也有親水性氨基酸，由疏水性氨基酸組成的部分，深入脂雙層的疏水區，與脂肪酸鏈共價結合，它們可分布在脂雙分子層中或跨越全膜。有的以多酶復合體的形式，由內在蛋白和周邊蛋白結合，有的不對稱的鑲嵌在脂雙層中。這些內在蛋白只有作用較強烈的去垢劑處理時才能從膜上溶解下來。
