1.尿標本收集
小嬰兒可用消毒塑料袋固定在外陰部留尿，但如30分鐘未留到尿流需再次消毒。
2.尿常規
清潔中段尿沉渣中白細胞計數>10個/HP或不離心尿標本鏡檢白細胞計數>10個/HP應考慮為泌尿系感染。如白細胞聚集成堆或見白細胞管型及蛋白尿者則診斷價值更大，但僅檢出白細胞者尚不足以診斷尿路感染。
3.尿培養及菌落計數
是診斷本病的重要依據。菌落計數10萬/毫升以上可確診為泌尿系感染，1～10萬/毫升為可疑，少于1萬/毫升多系污染，女孩如二次尿培養菌落均在10萬/毫升以上，且為同一種細菌更可確定診斷。男孩如尿標本無污染，菌落在1萬/毫升以上，即應考慮菌尿的診斷。采取新鮮尿液對培養很重要，如不能即時培養，應隨即放在4℃冰箱內。
4.尿液直接涂片找菌
用一滴混勻的新鮮尿，置玻片上烘干，用美藍或革蘭染色。此法簡單迅速，有一定可靠性，對診斷有意義。