本病應和化膿性腦膜炎等疾病相鑒別：
癥狀：
1、突然高熱畏寒劇烈頭痛伴噴射性嘔吐乳幼兒可有交替出現的煩躁與嗜睡雙目凝視；尖聲哭叫拒乳易驚等嚴重者迅速進入昏迷狀態
2、中毒面容皮膚瘀點頸項強直病理反射陽性嬰兒囟門飽滿隆起角弓反張如伴有脫水的嬰兒則無此表現
3、各種急性化膿性腦膜炎的特點：
(1)流腦：多于2～4月份發病以學齡前兒童多見早期即可出現皮膚瘀點或瘀斑其直徑多在2毫米以上病后3～5天常有口周與前鼻孔周圍的單純皰疹
(2)肺炎球菌性腦膜炎：發病季節多以春秋為主多見于2歲以內幼兒或50歲以上成人常伴有肺炎或中耳炎
(3)流行性感冒桿菌性腦膜炎：多見于2歲以內的幼兒起病較上述兩型稍緩早期上呼吸道癥狀較明顯
(4)金黃色葡萄球菌性腦膜炎：常伴有皮膚化膿性感染如膿皮病毛囊炎等部分病例于疾病早期可見有猩紅熱或蕁麻疹樣皮疹
(5)綠膿桿菌性腦膜炎：多見于顱腦外傷的病例亦可因腰椎穿刺或腰麻時消毒不嚴而污染所致病程發展較緩
4、實驗室檢查：
(1)腦脊液：腦脊液壓力明顯升高外觀混濁呈米湯樣細胞數增至1000/立方毫米以上以中性多核細胞為主蛋白增高潘氏試驗陽性糖和氯化物減少涂片或培養能找到相應的致病菌肺炎雙球菌腦膜炎在晚期病例可表現為蛋白細胞分離現象
(2)血培養：有病原菌生成
(3)血常規：白細胞明顯增多以中性多核細胞為主但金黃色葡萄球菌性腦膜炎時白細胞總數可正常或稍低有明顯核左移現象并有中毒顆粒出現
(4)皮膚瘀點涂片：流腦患者做此項檢查可找到腦膜炎雙球菌5.免疫試驗：對流免疫電泳乳酸凝集試驗及協同凝集試驗對流腦的快速診斷陽性率均在80%以上；間接血凝血凝抑制試驗熒光抗體染色放射免疫測定等均有助于快速診斷。