在自然生長環境中，明串珠菌細胞呈對或短鏈狀排列；在某些競爭性生長的環境中，細胞排列成較長的鏈。明串珠菌大多數菌株的最適生長溫度在20～30℃之間，異型乳酸發酵，可以進行檸檬酸代謝。
新的明串珠菌屬由腸膜明串珠菌和其它7個種組成，包括L. gelidum(冷明串珠菌)、L. carnosum(肉明串珠菌)、L. fallax(欺詐明串珠菌)、L. citreum(嗜檸檬酸明串珠菌)、L. argentinum(阿根廷明串珠菌)、L. pseudomesenteroides(假腸膜明串珠菌)和L. lactis (乳酸明串珠菌)。其中腸膜明串珠菌又包括三個亞種:腸膜明串珠菌腸膜亞種(L. mesenteroides subsp.mesenteroides、腸膜明串珠菌右旋葡聚糖亞種(L.mesenteroides subsp. dextranicum)和腸膜明串珠菌乳脂亞種(L. mesenteroides subsp. cremoris ) 。