1.精神病
以精神癥狀為惟一突出表現的肝性腦病易被誤診為精神病。因此，凡遇精神錯亂而原因不明的患者，應警惕肝性腦病的可能。
2.代謝性腦病
如糖尿病酮癥酸中毒、低血糖、尿毒癥、高鈉血癥、低鈉血癥等。根據相應的基礎疾病病史，結合相關實驗室檢查、血氣分析有助于鑒別。
3.顱腦病變
各種腦血管意外（腦出血、腦梗死、硬膜下出血）、顱內腫瘤、腦膿腫、腦炎、腦膜炎等可出現昏迷和昏睡。根據神經系統的癥狀及體征，結合頭顱CT或MR檢查，以及腦脊液檢查，大多數可明確診斷。
4.中毒性腦病
因酒精中毒、藥物中毒、重金屬中毒而導致的腦病，根據酗酒史、用藥史和特殊職業接觸史，結合實驗室檢查，有助于鑒別診斷。尤其注意與酒精相關性疾病的鑒別，如急性酒精中毒和戒酒后出現的戒斷綜合征與HE的表現類似，鑒別的關鍵是飲酒史、血中酒精濃度升高，戒酒時心動過緩、發熱、震顫更顯著。
暴發性肝衰竭患者定時檢測血淀粉酶可能有助于診斷，但僅有1/3的患者淀粉酶升高。
