曲菌病由曲菌引起。曲菌是最常見的污染雜菌，種類很多，在人類曲菌病中，最常見的致病菌為煙曲菌。曲菌生長迅速，在潮濕霉爛的谷物、稻草或腐爛的枯樹葉中繁殖很快。因此谷倉、土壤、空氣中常有大量曲菌孢子，可引起原發性肺曲菌病。外界環境中的曲菌孢子主要通過呼吸道進入人體。吸入的曲菌孢子不一定在人體內繁殖引起疾病。
