根據病原菌的致病力可分為致病性真菌和條件致病性真菌。致病性真菌本身具有致病性，條件致病性真菌致病性低，通常不感染正常人，但正常人大量接觸后或免疫功能低下者易感染。
深部真菌病是指致病真菌不僅侵犯皮膚、黏膜而且侵犯深入部組織和內臟所致的疾病。真菌廣泛分布于自然界，某些真菌可以感染人體而致病。致病真菌分為兩大類：①原發病原菌：如組織胞漿菌、新型隱球菌、芽生菌等。②條件致病菌：如念珠菌、曲霉菌、毛霉菌等。深部真菌病常為繼發感染，多在糖尿病、血液病、惡性腫瘤、大面積燒傷、嚴重營養不良或其他慢性消耗性疾病的基礎上發病。或長期應用抗生素、糖皮質激素、免疫抑制劑、使機體內菌群失調或抑制了機體的免疫反應而誘發。曲霉菌病是由致病曲霉菌所引起的疾病。致病菌主要經呼吸道心如侵犯肺部，也可侵犯皮膚、黏膜。嚴重者可發生敗血癥，使其他組織和系統受累。近年來證明一些曲霉菌可致癌。
