1、血液生化檢查在急性癥狀出現時，患兒應呈現低血糖，同時血磷、血鉀呈一過性降低。血清果糖、乳酸、丙酮酸和尿酸增高。
低血糖癥時，還可見患兒血清胰島素降低，而胰高糖素、腎上腺素和生長激素濃度增高，隨著這些激素的變化，血漿游離脂肪酸明顯增高，有別于正常人。果糖-1，6-二磷酸酶缺乏癥（屬常染色體隱性遺傳，其臨床表現酷似果糖不耐癥，主要為肝臟腫大）進食果糖后和在饑餓時均能導致低血糖發作。故易與糖原累積病、"酮性低血糖"及本癥相混淆。
血清膽紅質、轉氨酶和凝血因子的檢測有助于對急性肝功能衰竭的診治。
2、尿液生化檢查對疑似的急癥患兒都應檢測尿液果糖。持續進食果糖的患兒常有腎小管酸中毒和Fanconi綜合征樣的腎小管再吸收障礙，因此，應對尿液pH、蛋白、氨基酸和重碳酸鹽等進行檢測。
3、果糖耐量試驗一次給予果糖200～25mg/kg靜脈快速注射后檢測血液中果糖、葡萄糖、無機磷、尿酸和轉氨酶可供診斷。本試驗應在病情穩定后數周進行。
4、酶學檢查可采用肝、腎或腸粘膜活檢組織進行，但非診斷必需。