真核表達質粒是核酸疫苗的主體，表達載體表達抗原蛋白的能力越強，誘發宿主產生的免疫應答能力越強。不同類型的啟動子/增強子、內含子序列、翻譯起始序列、轉錄終止序列、mRNA的穩定性等調控元件可直接影響基因表達效率，其中啟動子是影響核酸疫苗表達的最重要因素。RSV啟動子/增強子的表達水平比SV高1000倍，CMV啟動子/增強子的表達水平又比RSV高2倍。一般認為CMV是最理想的啟動子。強啟動子可以產生較好的免疫應答，但弱啟動子可能誘導長期的持續性免疫應答。總之，要求用作核酸疫苗的載體必須具備以下特點：在哺乳動物細胞內能高水平的表達目的基因；本身不復制；不會整合到宿主染色體中。