這些都是消化泡，正在進行或完成消化作用的溶酶體，內含水解酶和相應的底物，可分為異噬溶酶體（phagolysosome）和自噬溶酶體（autophagolysosome），前者消化的物質來自外源，后者消化的物質來自細胞本身的各種組分。
根據溶酶體作用物的來源，將次級溶酶體分為：
（1）異生性溶酶體（het -erolysosome），系指不能透過質膜的大分子溶液或病毒、細菌等，前者通過胞飲作用（其中也包括受體介導的內吞作用）形成的胞飲泡（或胞內體），后者通過吞噬作用形成的吞噬泡，分別與初級溶酶體（或內溶酶體）融合后形成次級溶酶體（或溶酶體）。
（2）自生性溶酶體（autolysosome）或自噬溶酶體（autophagolyso -some），系指包圍了部分被損傷或衰老細胞器（線粒體、內質網碎片等）的自體吞噬體（autophagosome）與初級溶酶體（或內溶酶體）融合后形成的次級溶酶體。其消化的物質是內源性的。內含不能被消化的殘留物質的次級溶酶體被稱為殘留小體。殘留物質有的可排出，有的長期貯留在細胞內不被排出。