毛囊干細胞是毛囊中的，和其它成體干細胞一樣，具有慢周期性、未分化性、自我更新和體外增殖能力強等特點。毛囊干細胞分化經毛囊干細胞（hair follicle stem cells，FSC）、短暫增殖細胞（transit amplifying cells，TAC）有絲分裂后分化細胞（postmitotic differentiating cells，PDC）三個階段。毛囊干細胞在光鏡下呈立方形，細胞體積小，核漿比率大，表面光滑，皺褶少，又被稱為非鋸齒形細胞，細胞體積的增大與增殖能力呈負相關。超微結構顯示細胞表面有少許微絨毛，細胞核存在許多卷曲，染色質彌散分布，這些形態特征均表現出原始細胞的特性。
毛囊干細胞最重要的特點之一就是慢周期性，而且可以有無限多次細胞周期。當暴露于帶有核素活其他標記的核苷酸時，細胞在DNA合成的過程中攝取標記核苷酸而將標記整合到DNA中。由于干細胞的細胞周期長，這樣的標記可以維持相當長一段時間。正是由于干細胞的這一特點，有人便將它稱為標記滯留細胞（label-retaining cells，LRCs）。
實驗證實，LRCs具有干細胞的特征：其超微結構及生化特征方面均具有分化細胞的特點，體積小，細胞器少，克隆形成能力高，細胞周期慢，無限次分裂。之前，研究者通過這種方法已經將成體毛囊干細胞定位于隆突部。從形態學上看，隆突細胞體積小，有卷曲核，透射電鏡檢查發現其胞漿充滿核糖體，而且缺乏聚集的角蛋白絲，細胞表面有大量微絨毛，是典型的未分化或“原始狀”細胞。其他實驗還證實，毛囊上部角質形成細胞比下部細胞的體外增殖能力強，生存期長。同時，隆突部的細胞體外培養時克隆形成能力也最強。