反應室是氮氧化物分析儀中的核心部件，NO與O3的發光效率及從反應室玻璃窗進入光電倍增管的光強都是保證儀器數據穩定的關鍵因素，因此反應室的結構設計是整個系統設計的重要環節。
為解決玻璃窗的污染問題，在設計時應盡量避免反應室內的反應氣體與玻璃窗直接接觸。因此本文對反應室的內部構造改進方案為：增大雙噴嘴的直徑，在保持臭氧和樣氣的流量不變的情況下，可使兩氣體從雙噴嘴處噴出的速度減小，避免了反應室內的氣體快速的沖擊玻璃窗；減小反應空間的高度，使得反應室內的負壓更大，有利于反應后的廢氣迅速抽走，不至于長時間滯留在反應室內；在雙噴嘴口處加一凹型擋片，可以使臭氧及樣氣在反應室的雙噴嘴口處更好的混合，從而有利于發光反應的進行。