經治療和未經治療的HIV-1感染者，在沙奎那韋與ddc和/或AZT聯合治療后，用生物學標記（CD4細胞計數和血漿RNA）來評估其臨床的轉歸。
在NV14256研究中，先用AZT治療病人（CD4細胞在50與300/立方毫米間），然后用沙奎那韋聯合ddc治療，與單用ddc比較，聯合治療延長了第一次AIDS患者出現合并癥狀或死亡的時間。
聯合治療可以使AIDS合并癥或垂危狀態的危險性減少53%，死亡率減少72%。這與治療18個月后AIDS合并癥或死亡率由29.4%降至16.0%是相符的；同樣，單純死亡率由8.6%降至4.1%。在3個治療組中，平均療程為11~13個月，平均隨訪時間是17個月。
該研究中，所有治療組CD4細胞基線計數平均為156~176/立方毫米。16周后（DAVG16），沙奎那韋聯合ddc治療組CD4細胞增加26/立方毫米，血漿病毒載量減少0.6log10RNA拷貝/毫升。16周時，CD4細胞平均值增加47/立方毫米。12周時，血漿病毒載量平均值降低0.7log10RNA拷貝/毫升。
SV14604是隨機、多中心、雙盲、Ⅲ期、平行研究，比較AZT+ddc、沙奎那韋+AZT和沙奎那韋+AZT+ddc三者對于未經治療或最少治療的HIV感染者的療效。第四組是AZT單純用藥，該組被中止，病人轉至沙奎那韋+AZT+ddc組，組成“延遲的”三聯治療組。總共3485例患者納入治療，并有隨訪資料（ITT人群）。三組間CD4細胞和HIV RNA基線平均值分別為199~204/立方毫米和5.0~5.1log10拷貝/毫升。平均治療時間約14個月，對AIDS合并癥和死亡者隨訪的平均隨訪時間約為17個月。
沙奎那韋+AZT+ddc治療組，出現第一次AIDS合并癥或死亡的例數是76，比AZT+ddc治療組142例明顯減少（P=0.0001）。比較一開始就用沙奎那韋+AZT+ddc三聯治療與延遲的三聯治療，顯示前者發生AIDS合并癥或死亡共76例，后者116例（P=0.001），有明顯差別。
三聯治療組患者CD4細胞計數較基線水平升高為71/立方毫米，比AZT+ddc二聯治療組升高（40/立方毫米）為明顯。相應的，前者血漿基線HIV RNA下降（-1.5log10拷貝/毫升）比后者（-1.1log10拷貝/毫升）更明顯。48周后，兩個治療組CD4細胞和HIV RNA變化的差異有統計學意義（P=0.0001）。
沙奎那韋單藥治療僅顯示出有限、短暫的抗病毒活性。因此，沙奎那韋必須與其他抗逆轉錄病毒藥合用。