活檢組織寄生蟲檢查是診斷寄生蟲感染的重要病原學依據。活檢組織包括皮膚、肌肉、角膜、腸、肝、肺和腦組織。皮膚活檢有助于診斷絲蟲和皮膚利什曼原蟲感染。肌肉活檢有助于診斷旋毛蟲和豬囊尾蚴感染。直腸和膀胱活檢有助于診斷血吸蟲感染。肺組織活檢有助于診斷肺吸蟲感染。腦組織活檢有助于診斷豬囊尾蚴和曼氏裂頭蚴感染等。