1、活菌計數法— 平板菌落計數
此法是基于每一個分散的活細胞在適宜的培養基中具有生辰繁殖并能形成一個菌落的能力。因此，菌藩數就是待測樣品所含的活菌數。將單細胞微生物待測液經10 倍系列稀釋后，將一定濃度的稀釋液定量地接種到瓊脂平板培養基上培養，長出的菌落數就是稀釋液中含有的活細胞數，可以計算出供測樣品中的活細胞數。但應注意，由于各種原因，平板上的單個菌落可能并不是由一個菌體細胞形成的，因此在表達單位樣品含菌數時，可用單位樣品中形成菌藩單位來表示，即CFU/ml 或CFU/g(CFU 即colony-forming unit ）。
2、活菌計數法— 液體稀釋最大或然數法（ MPN）測數
取定量（ 1 ml）的單細胞微生物懸液，用培養液作定量10 倍系列稀釋，重復3 ～5 次，將不同稀釋度的系列稀釋管置適宣溫度下培養。在稀釋度合適的前提下，在菌濃度相對較高的稀釋管內均出現菌生長，而自某個稀釋度較高的稀釋管開始至稀釋度更高的稀釋管中均不出現菌生長，按稀釋度自低到高的順序，把最后3 個稀釋度相對較高的、出現菌生長的稀釋管之稀釋度稱為臨界級數。由3 ～5 次重復的連續三級臨界級數族得指數，查相應重復的最大或然數表求得最大可能數，再乘以出現生長的臨界級數的最低稀釋度，即可測得比較可靠的樣品活菌濃度。
3、活菌計數法— 薄膜過濾計數法
測定水與空氣中的活菌數量時，由于含菌濃度低，則可先將待測樣品（一定體積的水或空氣）通過微孔薄膜（如硝化纖維薄膜）過濾濃縮，然后把濾膜放在適當的固體培養基上培養，長出菌落后即可計數。