流感嗜血桿菌之所以被如此命名,是因為曾誤認為它是1889年流感大流行的原因。根據社區獲得性肺炎的大多數研究,它是細菌性肺炎較為常見的病因,僅次于肺炎鏈球菌。含b型(Hib)多糖莢膜的菌株毒性最強,最容易引起嚴重疾病,包括腦膜炎,會厭炎和菌血癥性肺炎。
由于使用了Hib疫苗,在美國和其他發達國家,流感嗜血桿菌感染已近消失。寄生于成人上呼吸道的流感嗜血桿菌常無莢膜(非b型)。這些菌株可移行于慢性支氣管炎病人的下呼吸道,常提示慢性支氣管炎加重。