流感病毒變異有抗原性變異、溫度敏感性變異、宿主范圍以及對非特異性抑制物敏感性等方面的變異，但最主要的是抗原性變異。抗原性變異與其他病毒不同，特點是表面抗原HA和NA易變異。變異有兩種形式，即抗原性轉變和抗原性漂移。
流感病毒表面抗原變異幅度的大小，直接影響到流感規模。若變異幅度小，屬于量變，稱為抗原漂移，產生病毒的信株，可引起中小型流行。如果抗原變異幅度大，屬于質變，稱為抗原性轉變，形成新的亞型，此時人群普遍缺乏對它的免疫力，往往引起較大的流行，甚至世界性流行。如甲型流感病毒的HA，NA容易發生抗原轉變，構成HA,NA的大部分或全部氨基酸均可發生改變，出現抗原性完全不同的新亞型。變異由量變累為質變。當新的流感病毒亞型出現時，人群普遍對其缺乏免疫力，因此容易引起大流行。
