腎臟是淀粉樣蛋白最常侵犯的部位之一，腎淀粉樣變可能是淀粉樣變患者最嚴重的表現和主要死亡原因，腎淀粉樣變在AL和AA（包括繼發性，家族性地中海熱和慢性靜脈吸毒成癮者）淀粉樣變均常見。腎淀粉樣變的主要表現是腎病綜合征和腎功能衰竭，蛋白尿十分常見，重者可有大量蛋白尿（24h尿蛋白定量>3.5g者稱為“腎病性蛋白尿”），35%AL和50淀粉樣變患者出現腎病綜合征，血尿相對少見，但明顯血尿可提示下泌尿道淀粉樣蛋白浸潤，膿尿和管型尿也可出現，但不常見，腎靜脈血栓形成是腎淀粉樣變病人較常見的并發癥，高血壓較罕見，慢性腎功能不全較多見，有時也可發生急性腎功能不全（多繼發于血容量不足，低血壓，休克，出血等并發癥之后），尿毒癥是腎淀粉樣變的晚期表現，但透析治療可穩定病情，有時可出現腎性糖尿，腎性尿崩，腎小管酸中毒，范可尼綜合征等腎小管功能異常，陰莖異常勃起和腎血管異常也有報道，腎淀粉樣變患者的預后主要與血肌酐和尿蛋白水平有關，相當一部分需要透析的腎衰竭患者，同時合并腎上腺淀粉樣變，導致腎上腺皮質功能減低。
淀粉樣蛋白主要沉積于腎小球和腎小動脈壁，也可沿腎小管基底膜沉積，或沉積于小管周圍，腎小球內的淀粉樣蛋白沉積，主要見于系膜區，內皮下和上皮下等部位，大量淀粉樣蛋白沉積可引起腎小球硬化，腎小動脈狹窄或閉塞，腎小管萎縮，間質纖維化及單核細胞浸潤等，早期腎淀粉樣變時，腎臟多增大或大小正常，而晚期腎衰竭時則有雙腎萎縮，腎活檢組織切片作剛果紅染色等項檢查，是腎淀粉樣變的主要診斷依據。