1.血象
普通型白細胞總數和分類正常；暴發型和合伴細菌感染時，白細胞總數和中性粒細胞比例增高；慢性患者可有輕度貧血。
2.糞便檢查
糞便呈暗紅色果醬樣，有特殊腥臭味，糞質較多，含血及黏液。鏡檢可見大量粘集成團的紅細胞、少許白細胞和夏科-雷登結晶，能找到活動的、吞噬紅細胞的阿米巴滋養體。慢性患者糞便中能查到包囊。
（1）生理鹽水涂片法適用于急性痢疾患者的膿血便或阿米巴腸炎的稀便，主要檢查活動的滋養體，但標本必須新鮮，送檢越快越好，置4℃不宜超過4～5小時。典型的阿米巴痢疾糞便為醬紅色黏液樣，有腥臭味。鏡檢可見黏液里含很多粘集成團的紅細胞和較少的白細胞，有時可見棱形結晶和活動的滋養體。這些特點可與細菌性痢疾的糞便區別。
（2）包囊濃集法對慢性患者的成形糞樣，亦可用直接涂片法查找包囊期，常作碘液染色以顯示細胞核，便于鑒別診斷。但包囊檢查可用濃集法提高檢出率。常用的方法有硫酸鋅浮集聚法和汞碘醛離心沉淀法。
（3）人工培養已有多種改良的培養基可供選用。從糞便標本分離培養蟲體的診斷常規都用有菌培養，但一般在多數亞急性或慢性病例的檢出率不高，故培養法似不宜用作常規檢查。無共生物培養需特種培養基和技術要求，宜用于研究。
臨床上多見的不典型遷延型阿米巴病，常不易在糞便內找到病原體。據分析，無癥狀患者或病變局限于盲腸和升結腸者，常規濕涂片或固定染色涂片的一次檢出率不超過30%，間隔一天以上的3次送檢，陽性率可提高至60%～80%，送5次者可達90%以上。
3.血清免疫學檢查
用間接學凝試驗（IHA），間接熒光抗體試驗（IFA）及酶聯免疫吸附試驗（ELISA）檢查侵襲性腸病（包括阿米巴瘤），陽性率為60%～80%。
4.影像檢查
X線鋇灌腸檢查：在阿米巴瘤部位有充盈缺損、狹窄或壅塞。
5.結腸鏡檢查
可見大小不等的散在潰瘍，口小底大，邊緣整齊，有時可見一圈紅暈。潰瘍邊緣涂片及活檢可見滋養體。
6.組織檢查
借助乙狀結腸鏡或纖維結腸鏡直接觀察黏膜潰瘍并作活檢或刮拭物涂片的檢出率最高，大部分痢疾患者可用此法檢出。活體標本必須取材于潰瘍邊緣，膿腔穿刺亦應取材于壁部，并注意膿液性狀特征。
7.病原檢查
要特別注意盛器潔凈及患者服藥和治療措施的影響。某些抗生素，殺蟲藥物，瀉劑、收斂劑，高、低滲灌腸液，鋇餐以及自身尿液污染均可使滋養體致死而干擾病原體的檢出。