溶藻細菌篩選主要有兩種方法：一是利用液體感染的方法進行分離；另一種是利用固體感染的方法進行分離。國內外溶藻細菌一般分離自因富營養化而發生水華或赤潮的湖泊及海洋，大多為革蘭氏陰性菌。由于溶藻細菌在自然水體中存在的比率比較低，故采用傳統的方法需要濃縮大量水樣，耗時長且很難獲得理想溶藻細菌，與將來工程實際應用相距甚遠。PCR技術可以快速、靈敏、選擇性地擴增微量的DNA片段，16S rRNA序列分析可以揭示微生物種群間的系統發育關系，利用PCR技術、細菌的16S rRNA序列分析技術，直接分析具有溶藻效果的樣品中細菌類屬和親緣關系，根據分析結果選擇合適的培養基和方法進行分離培養，能夠克服部分溶藻細菌不易培養的弊端，有利于分離更多的溶藻細菌和更全面地了解水環境中的藻菌關系。實際上，國內對溶藻細菌的研究僅處于起步階段，在分子生物學水平上對溶藻細菌的研究尚未涉及。因此，尋找溶藻細菌分離源，實現短時間內分離篩選獲得所需菌株，對溶藻細菌的深人研究及應用具有重要意義。