以胃腸道和關節病變最常見。CD患者的胃腸道癥狀有因痙攣、便秘、部分或完全性腸梗阻引起的臍周、腹右下1/4絞痛，并伴有腹瀉、惡心、嘔吐、發熱、食欲不振和體重減輕。若潰瘍病變穿孔至腸外組織或器官，可形成瘺管。UC患者為下腹或腹左下1/4痙攣性疼痛，較輕，有疼痛-便意-便后緩解的規律。因炎癥刺激使腸蠕動增加及腸腔水、鈉吸收障礙，可產生脫水和電解質失衡的復發性黏液膿血性腹瀉。
兩病的周圍關節炎在腸道疾病發作6個月至幾年后，偶爾也可在結腸炎之前發生或同時發生。一般急性發作，常為不對稱形式，侵及1個或幾個大關節，最常受累的是膝、踝等負重關節，表現腫脹、紅斑、滑膜液分析呈炎癥性，通常可在幾周內痊愈，不留后遺癥。其他可能侵及的關節有末端指間、肘、肩和腕關節。關節炎常出現在腸道炎癥嚴重、范圍廣泛的患者。針對腸道炎癥的治療，一般對關節炎也有效，隨著腸道病變的功能恢復而減輕。關節炎出現在侵及結腸的UC患者比孤立的直腸病變多見，CD侵及結腸比單純小腸病變者更多見。這種關節炎不破壞關節，類風濕因子（RF）陰性。
皮膚黏膜病變包括見于CD的口腔潰瘍，IBD的炎性皮膚疾患，如壞疽性膿皮病和結節性紅斑，與結腸病變的活動性有關，有時皮膚病變可在結腸炎癥狀之前出現。結節性紅斑表現為疼痛、皮膚敏感的紅斑樣或紫色結節，最常見于腿部，病變呈多發性，可發生于任何肢體。輕微的創傷可誘發IBD。壞疽性膿皮病比較嚴重，可出現壞死性潰瘍，有時其病程與腸道炎癥不相一致。典型病變發生于下肢，但也可見于身體任何部位，偶見于手術切口。
病人其他的全身性表現，包括失血或失蛋白引起的貧血、肝、膽并發癥（如膽鹽吸收不良的膽結石、繼發性營養不良、糖皮質激素治療或從深靜脈高營養液補充過多的碳水化合物所致的肝臟脂肪變性、膽管炎和肝功能異常）、血栓性靜脈炎等。生殖泌尿系異常如腎結石是IBD的常見表現，因脂肪瀉使草酸鹽和草酸鈣結合引起。CD形成的瘺管常有膀胱瘺，炎癥性包塊機械性壓迫導致輸尿管阻塞等。IBD患者還可發生骨質疏松和骨軟化等代謝性骨病。
IBD沒有一個能以病征就可以確診的臨床內鏡和組織學特征，因此，醫生必須全面考慮臨床資料和病情演變。
CD的診斷可根據臨床癥狀和體征，結合X線變化特征，如腸狹窄節段刺激征和急速跳躍區的出現等。結腸鏡有助于對結腸受累的病變的診斷，組織活檢可顯示穿壁性炎癥和肉芽腫形成。排除感染、寄生蟲、贅生物等病因，出現結腸炎表現的患者可診斷為UC。IBD的疾病分類學依靠臨床描述、內鏡檢查和組織學標準。
