近年來大量研究表明，腸相關淋巴組織（GALT）主要由機體免疫細胞和腸淋巴組織構成，GALT在體內具有非特異性免疫和特異性免疫作用。其中非特異性免疫是阻止病原菌侵入體內的第一道防線，在非特異性免疫反應初期，巨噬細胞在吞噬和殺滅入侵微生物過程中起著重要作用。最近研究表明，在體外系統中將巨噬細胞直接放入甘露低聚糖中，或將甘露低聚糖喂給大鼠時，均能激活巨噬細胞。胃腸道特異性免疫反應的關鍵部分主要是抗體（lgA）系統，粘膜IgA能抑制入侵菌和毒素在腸上皮附著，通過抗體依賴性細胞介導的細胞毒作用直接殺死細菌。
甘露低聚糖在激活免疫應答上有一定作用。由于源自微生物的特殊多糖在加入疫苗時具有佐劑作用，因而添加適量的甘露低聚糖還可顯著提高抗體反應能力，從而加強疫苗的保護效能。甘露低聚糖除具有輔劑和抗原特性之外，還有能刺激肝臟分泌甘露糖結合蛋白，從而影響免疫系統的作用。這種結合蛋白可結合細菌被囊，從而啟動免疫系統產生應答反應。