世界動物衛生組織（OIE）規定，禽流感病毒的檢測采用雞胚病毒分離培養及致病力測定。中華人民共和國國家質量監督檢驗檢疫總局和國家標準化管理委員會聯合發布了6項有關禽流感病毒檢測的國家標準，其中針對H5N1亞型的有《H5亞型禽流感病毒熒光RT-PCR檢測方法》、《H5亞型禽流感病毒NASBA檢測方法》。美國CombiMatrix 公司研制一種基于半導體的DNA芯片，芯片上有針對A型流感病毒所有亞型的血凝素和神經氨酸酶的特異性寡核苷酸探針。檢測時，先將病毒的遺傳材料進行PCR擴增，再與芯片雜交，能在4小時內檢測出流感病毒株系。