1、血液系統
CML患者中,所有研究均報告有血細胞減少，尤其是中性粒細胞和血小板減少，以>750㎎/日的大劑量時發生率較高(Ⅰ期研究)，然而血細胞減少的發生率也明顯取決于疾病分期。新診斷CML患者血細胞減少的發生率要小于其他CML患者。3或4度的中性粒細胞減少(ANC<1.0 × 109/L)和血小板減少(血小板計數<50×109/L)，在急變期和加速期的發生率(中性粒細胞減少和血小板減少的發生率分別為59%～61%、44%～63%)較新診斷慢性期患者(中性粒細胞減少發生率為16.7%，血小板減少發生率為8.9%)高4和6倍。新診斷慢性期CML患者中4度中性粒細胞減少(ANC<1.0×109/L)和血小板減少(血小板計數<50×109/L)的發生率分別為3.6%和[1%。中性粒細胞和血小板減少發生的中位數持續時間分別為2～3周和3～4周。對于這類事件，一般可通過降低劑量或暫停用藥而緩解，僅個別病例需為此而長期停藥。兒童CML患者最常見毒性反應為3或4度血細胞減少。包括中性粒細胞減少、血小板減少和貧血。這些毒性反應通常發生在首次治療的前幾個月。
在GIST患者，出現3級和4級貧血的發生率分別為5.4%和0.7%，這些患者中至少有一部分是與胃腸道或腫瘤內出血有關。3級和4級中性粒細胞減少的發生率分別為7.5%和2.7%，而3級血小板減少的發生率為0.7%,沒有患者發生4級血小板減少。全血細胞和中性粒細胞計數降低主要發生在治療的最初6周,以后細胞計數保持相對穩定。
2、生化檢查
CML患者顯著的轉氨酶升高(<5%)或膽紅素升高(<1%)不常見，其能夠通過減量或停藥(中位持續時間約為一周)來緩解,只有不到1%的患者因肝功能實驗室檢查異常而長期停藥。GIST患者(B2222研究)中,6.8%的患者出現3或4級血清谷丙轉氨酶(SGPT)升高,4.8%出現3或4級血清谷草轉氨酶(SGOT)升高。膽紅素升高的發生率小于3%。
也可見到細胞溶解性、膽汁淤積性肝炎或肝衰竭病例，其中有些是致死性的。