佐劑的安全性是一個十分重要的問題，但又是一個容易被忽視的問題，研究表明，絕對安全的佐劑是不存在的。人們只能根據佐劑的作用機制進行調整，盡可能做到免疫刺激作用最大化，而毒副作用最低化。臨床觀察設計時，要充分考慮佐劑、佐劑與疫苗使用引起的不良反應的收集。如果是新佐劑與已上市抗原的臨床研究，應有與已上市疫苗(佐劑和抗原)不良反應的比較和分析。如果是新佐劑與新抗原，則應按照國家有關要求，系統而詳細地收集不良反應，包括局部和全身反應、有關系統的實驗室檢測指標和儀器檢查結果等。
