過量使用呋喃唑酮可能會導致胃腸道反應（如惡心、嘔吐、厭食、腹瀉，一般反應較輕）；溶血性貧血、皮疹、藥熱等過敏反應；多發性神經炎；新生兒和G-6-PH缺乏可致溶血性貧血。
若超量或長期連續用藥，可引起動物中毒，嚴重會導致動物死亡。對中樞神經系統能造成不可逆的損傷，在人體可引起溶血性肝壞死等疾病。早在2002年，農業部就將其列為禁用獸藥，嚴禁在任何食品動物中應用，但一些養殖戶為了追求經濟效益，仍將其作為治療水產品腸胃病的特效藥使用。
研究也表明，長時間或高劑量服用呋喃唑酮對動物的肝、腎、心臟、下丘腦及生殖系統等都有不同程度的毒副作用。