PCR法查痰是近代分子生物學方法，可檢測痰標本中少許結檢菌的特異性DNA。40條結核菌即可陽性，有的僅幾條結核菌即可陽性。方法靈敏，較培養法陽性率高；特異性亦高；檢測快速；需兩天即報結果甚至幾個小時即出結果；還可作菌型鑒定；對異菸肼和利福平等已可用PCR方法作耐藥檢測，并已有人利用PCR法檢測DNA指紋追蹤傳染源。PCR法查痰菌不足之處是還有少量假陽性與假陰性；嚴格操作和方法的改進可能進一步減少或避免之。
