妊娠：動物研究沒有顯示該藥物具有任何致畸效應。由于該藥物在動物中缺乏致畸效應所以預期該藥物在人體中也沒有致畸效應，到目前為止，在人和動物中進行的研究已經顯示，在人體中引起畸形的物質在動物中也顯示了致畸效應。
在臨床情況下，對于在妊娠前三個月期間應用胺碘酮而言，現在尚沒有足夠的相關數據來評估其可能的致畸效應。
由于從閉經的第14周開始，胎兒的甲狀腺開始與碘結合，在以前的應用中沒有預期到對胎兒甲狀腺產生的效應，所以在這一時期之后，本藥物的應用導致的碘過載可以引起胎兒的生物或臨床（甲狀腺腫）甲狀腺機能減退。
因此，本藥物禁忌應用于妊娠中三個月和后三個月期間。
哺乳期：胺碘酮及其代謝產物以及碘可以分泌在乳汁中，其濃度高于母體血漿中的濃度。由于存在新生兒甲狀腺機能減退的危險性，所以在應用本藥物的情況下，禁忌實施母乳喂養。