短桿菌肽S最早是由俄國微生物學家Georgyi Frantsevitch Gause和他的妻子Maria Brazhnikova于1942年發現的。在被發現后的最初幾年里，一直到1946年，它在蘇聯的軍隊醫院中被用來治療前線受傷的士兵。Gause也因此獲得了蘇聯國家獎（Госуда?рственная пре?мия СССР）。該藥于1944年被蘇聯衛生部通過國際紅十字會贈與英國，以求能通過合作研究獲得其化學結構。英國化學家Richard Synge通過紙色譜證明了這個化合物是個具有環肽結構的抗生素。他后來因為出色的色譜學研究獲得了諾貝爾化學獎。而該化合物的最終晶體結構是由多蘿西·克勞福特·霍奇金（Dorothy Hodgkin）和Gerchardt Schmidt測試并發表。正因為短桿菌肽S的發現和對抗生素研究的重大貢獻，Gause即使在李森科主義盛行的年代也沒有受到太大的影響，而和他同時期的蘇聯科學家有很多都被處決。事實上，正是因為他極力推廣抗生素的大規模生產，使得與他合作的基因學家Joseph Rapoport和Alexander Malinovsky能夠幸免于難，而這兩人在后來終結李森科主義的過程中起到了積極的作用。