原發性與繼發性甲狀腺功能低減癥臨床上常難于鑒別。從病因考慮絕大多數是原發性的。測定TSH對區別原發、繼發或第三性甲狀腺功能低減癥有幫助。在緊急治療開始時，均采用糖皮質激素，因此，這種鑒別不一定需要。但是，對病情改善后的進一步病因治療，此項檢查是有意義的。
典型病例診斷并不困難，對不夠典型的病例，急診條件下常難證實。臨床上本病易與其他系統疾病混淆，特別是一些心血管、胃腸、神經系統疾患，及其他常見的昏迷原因，應盡快排除，便于治療。
