在環境分析測試中，有時用紙層析法分離試樣組分，它用于一些精度不高的分析，如3，4-苯并芘。但不如GC、HPLC應用普遍。在做葉綠體色素分離時用到,將葉片碾碎，浸出綠色液體，將液體與層析液（石油醚）混合，將濾紙一端浸入混合液體，四種色素在層析液中的溶解度不同，在濾紙上留下4條色素帶。由此觀查出各種色素的相對含量和種類。
紙層析法一般用于葉綠體中色素的分離，葉綠體中色素主要包括胡蘿卜素、葉黃素、葉綠素a、葉綠素b，它們在層析液中的溶解度不同，溶解度大的隨層析液在濾紙上擴散地快，反之則慢；含量較多者色素帶也較寬。最后在濾紙上留下4條色素帶，所以利用紙層析法能清楚地將葉綠體中的色素分離。
注意事項：紙層析法中所用的有機溶劑如丙酮等，一般有揮發性、并有一定毒性，使用時要注意密封層析，避免吸入過多有害揮發物。