細胞譜系（cell lineage）是指卵裂球從第一次卵裂時起，直到最終分化為組織和器官細胞時為止的發育史。許多動物受精卵的分裂按嚴格的格式進行。在此過程中各分裂球生成的遲早、順序和所在空間位置都有規定。從這些動物受精卵的卵裂開始，按裂球的世代、位置和特征給予系統的符號和名稱，借以表明它們彼此之間和前后代裂球之間的相互關系。這種細胞間在發育中世代相承的親緣關系猶如人類家族的譜系，故稱為細胞譜系。細胞譜系的研究對于了解卵質不均等分布和裂球發育命運的關系，以及比較不同種類動物早期發育之間的演化關系，都有重要作用。