診斷
根據流行病學資料，包括發病季節、地區、年齡，有無不潔飲食史、集體發病史、動物接觸史、疫水接觸史及抗生素使用、手術史，結合發病癥狀、體征、病程以及腹瀉次數、性狀等考慮可能的病原菌，確診有賴于糞便病原菌的分離培養及特異性檢查。
治療
1.對癥治療
腹瀉伴有嘔吐或腹痛劇烈者，可予阿托品類藥物，但慎用或禁用阿片制劑，因其能強烈抑制腸蠕動，使腸毒素易被吸收而加重中毒或誘發中毒性巨結腸。也有主張使用腸黏膜保護制劑如思密達等，可吸附病原菌和毒素，并能通過與腸道黏液分子間的相互作用，增強黏液屏障，以防御病原菌的侵入。另外小檗堿（黃連素）具有良好的收斂和輕微抑菌作用，對于細菌性腹瀉有一定作用。
2.液體療法
（1）口服補液療法（ORT） 適用于急性腹瀉輕、中度脫水及重度脫水的輔助治療，服用劑量和次數根據患者腹瀉次數和脫水程度掌握。
（2）靜脈補液療法 適用于重癥腹瀉伴脫水、電解質紊亂、酸中毒或休克者，補液推薦用乳酸林格氏液，最初應快速靜脈補液，遵循補液的基本原則，繼發酸中毒者靜脈給予5%碳酸氫鈉或11.2%乳酸鈉，用量可根據血氣分析結果先給予半量，視具體情況再決定，注意補充鉀、鈣。當患者脫水糾正、嘔吐好轉后即改為口服補液。
3.抗菌治療
不同病原菌所使用抗菌藥物不同，耶爾森菌感染的輕癥患者多為自限性，不必應用抗菌藥物治療，重癥或并發敗血癥者根據藥物敏感實驗選用，療程2～3天，該菌一般對氨基糖甙類抗生素、氯霉素、磺胺類和氟喹諾酮類等敏感。侵襲性、致病性或產腸毒素性大腸桿菌引起的腹瀉一般可選用氟喹諾酮類或磺胺類藥物口服，療程3～5天。
CDAD輕癥患者停用抗菌藥即可使正常菌群恢復，癥狀緩解，如果停用抗菌藥后腹瀉持續48小時或72小時以上，應當考慮選用抗菌藥。重癥患者，應立即予以有效抗菌藥治療。
AIDS相關性腹瀉治療應該及時早期足量應用抗菌藥物，如頭孢菌素及氟喹諾酮類藥物。使用青霉素或氯霉素治療鼠傷寒沙門菌可能會導致多重耐藥株的出現，使病程延長和出現菌血癥。因此對較重病情的腹瀉患者可聯合用藥或根據藥敏實驗，選用敏感抗菌藥物治療，療程較普通人的感染性腹瀉時間長。
4.微生態療法
由于引起細菌性腹瀉的原因在于外源細菌的侵入或正常細菌的易位、比例失調等，均導致腸道正常菌群的破壞，腸道微生態的失衡，故近年來細菌感染性腹瀉的治療中推廣微生態療法，目的是恢復腸道正常菌群，重建腸道生物屏障，拮抗病原菌定植侵襲，有利于腹瀉的控制。常用制劑有益生菌和益生元，益生菌如雙歧桿菌、乳酸菌、糞球菌等。益生元包括乳果糖、果寡糖、菊糖等。但是注意口服活菌制劑應該與抗生素隔2小時左右，以免被殺滅，影響療效。