耐藥性可分為固有耐藥（intrinsic resistance）和獲得性耐藥（acquired resistance）。
①固有耐藥性又稱天然耐藥性，是由于細菌結構與化學組成的不同，本身對抗菌藥物不敏感，如鏈球菌對氨基糖苷類抗生素天然耐藥，天然耐藥性是由細菌染色體基因決定，代代相傳，不會改變。
②獲得性耐藥性是由于細菌與抗菌藥物接觸后，由質粒介導，通過改變自身的代謝途徑，使其不被抗菌藥物殺滅。如金黃色葡萄球菌與淋球菌產生β-內酰胺酶而對β-內酰胺類抗生素耐藥。獲得性耐藥性可由質粒將耐藥基因轉移給染色體而遺傳后代，成為固有耐藥性，也可因不再接觸抗菌藥物而消失。