1、結合活菌苗用于腫瘤的輔助治療：
(1) 皮膚劃痕；在四肢皮膚上縱橫劃痕各10條，每條長5cm，，交叉成為方塊，以刺破表皮微微滲血為度，向劃痕處置卡介苗1～2ml（每毫升75mg活菌）每周1～2次，10～20次為1療程。
(2) 皮內針刺：用無針注射器作20點、40點或60點針刺接種卡介苗于四肢。
(3) 瘤內注射：將卡介苗注入腫瘤結節內，多用于惡性黑色素瘤，劑量為卡介苗懸液0．05～0．15ml。
(4) 口服：每周服75～150mg（最多200mg）1～2次，1個月后改為每周或2周1次，第3個月后每月1次，直至1年以上。服時或將卡介苗置于膠囊中或混在1杯桔子水中1次性服下。
(5) 胸腔內注射：應用于肺癌手術后，在術后3～5日由胸腔引流管內注入卡介苗1億活菌。
2、結合活菌苗預防結核：1歲以內健康嬰兒，一般可直接接種結核活菌苗，但有明顯結核病接觸史者及應用皮內注射菌苗時，以及1歲以上的兒童或成年人，必須先作結核菌素試驗，陰性者方可接種。接種后4～8周才產生免疫力 （免疫可維持3～4年），所以接種后還要和結核病人隔離2個月，以免在這期間受到傳染。2～3個月后再作結核菌素試驗，陽性者表示接種成功，陰性者應再補種。以后每3～4年復種1次，復種前也應先作結核菌素試驗。接種方法：
(1) 口服法：限用于出生后2個月以內的嬰兒，出生后次日開始服用，隔日1次，共服3次；或每日1次，連服3次，每次用量1ml。
(2) 皮上劃痕法：主要用于1歲以下健康兒童（1歲以上也可用），用75%酒精消毒三角肌處皮膚，待干后滴1～2滴菌苗，用針通過菌苗劃痕，長1～1．5cm的"井"字，以劃破表皮略有出血為度，劃后用針涂抹數次，使菌苗充分滲入劃痕處，等5～10分鐘局部隆起時再穿衣服。
(3) 皮內注射法：主要用于1歲以上健康兒童，每次注射0．1ml。
3、結合活菌苗治療小兒哮喘性支氣管炎及預防小兒感冒，小兒手臂或下肢內側皮膚以75%酒精消毒，干后滴死卡介苗1滴，用消毒的針劃痕（長1cm），以不出血為度。每周1次，共50次。