病因為各種化膿性細菌、分枝桿菌、真菌或寄生蟲感染。最常見病原菌為厭氧菌，如梭形桿菌；其次為多種革蘭陰性菌和革蘭陽性菌，如大腸埃希菌、克雷伯桿菌、陰溝腸桿菌、流感嗜血桿菌、副流感嗜血桿菌、軍團菌、金黃色葡萄球菌、鏈球菌、糞腸球菌，此外，糖尿病患者和免疫功能抑制者，某些真菌感染可引起空洞，如奴卡菌、放線菌，寄生蟲，如溶組織阿米巴原蟲，為一種重要的、但并不常見的肺膿腫病原菌。分枝桿菌如結核分枝桿菌、鳥分枝桿菌等亦可引起肺膿腫。
