在人類和細菌的斗爭中，特別針對耐藥細菌進行了大量研究，主要期望通過以下方式克服細菌耐藥：
(1)直接針對耐藥細菌研究開發新的抗菌藥物，期望只要有一種耐藥菌就開發一種新抗菌藥物，這是最理想的辦法，但結果令人失望，細菌耐藥產生的速度遠遠超越抗菌藥物研究速度，且抗菌藥物研究開發難度越來越大。 [1]
(2)克服耐藥機制，恢復細菌對抗菌藥物的敏感性，如針對細菌產生的bete -內酰胺酶，研究合成酶抑制劑，將酶抑制劑和抗菌藥物聯合使用，在克服細菌耐藥同時發揮抗菌藥物的殺菌作用。迄今為止，臨床可供使用的只有bete -內酰胺酶抑制劑和青霉素（或頭孢菌素）復方應用，其他眾多耐藥機制尚無法克服。 [1]
(3)抗菌藥物替代產品，如抗菌多肽、噬菌體等，但大多停留在實驗研究階段，離臨床應用還很遙遠。 [1]
根據大量研究，最有效的辦法是避免細菌耐藥，保持抗菌藥物活性，要達到這一目的的最終辦法是合理使用抗菌藥物。