1、免疫治療
耐藥肺結核患者常常免疫功能低下，尤其是重癥患者提高細胞免疫功能，提高吞噬細胞的吞噬能力，對消滅結核分枝桿菌有積極意義。目前研究最為活躍且比較成熟的兩類免疫制劑有細胞因子制劑如干擾素-γ(IFN-γ)和白細胞介素-2（IL-2）和母牛分枝桿菌菌苗等。
2、中醫藥治療
中醫藥通過辨證論治，對每個結核病患者進行機體調節來提高其免疫功能，改善患者的全身狀況及臨床癥狀，如咯血、咳嗽、飲食、低熱、盜汗等，從而達到輔助治療耐藥結核病的作用。
3、營養支持治療
耐藥結核病可導致營養不良，而耐藥結核病患者也可因營養不良而使病情進一步惡化。因此，對耐藥結核病患者給予營養支持治療很有必要。如可添加維生素和礦物質成分，對全身情況極差、重度營養不良者可予補充脂肪乳劑、白蛋白等。
總之，耐藥結核病的治療應采取以化學治療為主的綜合性治療措施，才能取得最佳的療效。