肝內膽管結石的發病原因與膽道的細菌感染、寄生蟲感染及膽汁滯留有關。此外，膽汁中的黏蛋白、酸性黏多糖、免疫球蛋白等大分子物質，炎性滲出物，脫落的上皮細胞、細菌、寄生蟲、膽汁中的金屬離子等，均參與結石的形成。
