研究者發現，正常情況下肝臟能滅活來自腸道的各種毒素、細菌、真菌等。當肝臟發生疾病時，腸道微生態會顯著變化，大量的毒素、細菌等進入血液無法被清除，導致腸道屏障功能受損，從而激活機體免疫系統，引起異常免疫反應，加快肝細胞凋亡、壞死。在腸黏膜屏障功能受損、腸道通透性增加以及腸菌群過度生長的情況下，這些細菌及產物會大量通過門靜脈系統進入肝臟，激活肝臟的非特異性免疫系統，產生大量的炎性細胞因子和趨化因子，引起或加重肝臟的炎癥反應，甚至導致肝硬化、肝癌的發生。鑒于腸道菌群的EHC在肝臟疾病中的特殊作用，益生菌正成為治療肝臟疾病的新途徑。