梭狀芽孢桿菌存在于正常人的消化道,患者接受抗菌藥物治療后該菌異常增殖,故屬內源性感染,但該菌亦存在于醫院環境中,醫務人員手上亦可攜帶本菌,因此亦可通過糞-口途徑,以接觸傳播方式而發病,造成外源性感染或交叉感染。艱難梭菌腸炎多系醫院內感染,幾乎所有抗菌藥物均可誘發本病。人群中發病率極低。發病者絕大多數為老年人。