1.實驗室檢查
（1）末梢血白細胞 一般患者白細胞總數和中性粒細胞數大多正常。重癥病例白細胞計數可明顯升高；
（2）血生化檢查 部分病例可有輕度谷丙轉氨酶（ALT）、谷草轉氨酶（AST）、心肌型肌酸激酶同功酶（CK-MB）升高，重癥病例血糖可升高；
（3）病原學檢查 特異性EV71核酸陽性或分離到EV71病毒。
（4）血清學檢查 急性期和恢復期特異性EV71抗體檢測4倍以上升高可確診。
（5）腦脊液檢查 外觀清亮，壓力增高，白細胞計數增多（多以單核細胞為主），蛋白正常或輕度增多，糖和氯化物正常。
2.物理學檢查
（1）胸片 可表現為雙肺紋理增多，網格狀、點片狀、大片狀陰影，部分病例以單側顯著，快速進展為雙側大片陰影；
（2）心電圖 無特異性改變。可見竇性心動過速或過緩，ST-T改變；
（3）磁共振 以腦干、脊髓灰質損害為主。
（4）腦電圖 部分病例可表現為彌漫性慢波，少數可出現棘慢波。